군자정은 고려 후기 뛰어난 유학자였던 이재 백이정(1247 - 1323 · 1340) 선생께서 후학을 가르치던 곳이다. 군자정의 옛터에는 백이정이 손수 심었다는 당상목인 수령 690년이 넘는 느티나무가 지금도 살아 있다.

구전에 의하면 1909년부터 지금의 자리에 초가를 짓고 이재 백이정을 주벽으로 익재 이제현, 치암 박충좌 세분을 모시고 석채례를 올리고 있었다.

그 후 1918년 최정호, 송헌장이 건립을 발의했지만 일제강점기를 맞아 지지부진 하던 중 1924년 초대회장 류정희를 중심으로 난곡사보존회가 결성되고 1925년 현위치인 이동면 난음로 219번길 7-14에 사우를 건립하여 오늘에 이르게 되었다. 난곡사 낙성식에는 전국의 유림 3천여명이 참석하여 성대하게 행사를 치루었다는 기록이 남아 있다.

○ 1918년 : 최정호, 송헌장이 건립 발의

○ 1924년 : 난곡사보존회 결성, 초대회장 류정희

○ 1925년 : 사우 건립

○ 1959년 : 정당 보수

○ 1965년 : 난음리 이영백 씨가 논 200평 헌답

○ 1974년 : 외삼문 신축

○ 1975년 : 내삼문 신축

○ 1976년 : 장서각 신축

○ 1977년 : 보령각 신축

○ 1978년 : 창건비 건립

○ 1997년 : 경상남도 문화재자료 제237호로 지정, 사당과 정사, 외삼문 개축

○ 2004년 : 본당 및 내·외삼문 개수 및 단청, 경내를 확장과 동시에 담장을 확장 정비

○ 2006년 : 오래 전에 철거된 보령각을 신축하고 경내를 확장 정비, 남해 난곡사 창건기념비 건립

○ 2007년 : 동재 신축, 경내, 담장 등 확장 정비, 노후된 하마비를 오석으로 건립

대원군의 서원철폐령에 의해 훼철된 난계사에 모셔져 있던 난계 이희급의 위패는 1965년 후손인 이영백 씨가 전 1두(약 200평)와 헌성금을 내고 건립에 도움을 주었으며, 매년 제례비로 백미 6두를 헌성하기로 하였기 때문이었다.